8 września1939w
posiadającej mieszaną, polsko-niemiecką ludność wsi pojawił się
dziesięcioosobowy oddział Wehrmachtu. W godzinach popołudniowych został on
zaatakowany przez polskich mieszkańców wsi za pomocą broni białej i broni
krótkiej. Niemiecka ludność Markowic wraz z częścią żołnierzy uciekła na
pola otaczające wieś, gdzie zostali otoczeni przez nadciągający ze Strzelna
oddział Wojska Polskiego. Wszyscy żołnierze niemieccy zginęli w walce bądź
zostali rozstrzelani, zamordowano również całą niemiecką ludność wsi.
Przeżyła tylko jedna osoba, która schroniła się w klasztorze, oraz ci
Niemcy, którzy tego dnia nie znajdowali się we wsi (w tym mistrz Polski w
wioślarstwie, Ewald Reich oraz właścicielka miejscowych dóbr, Hildegarda von
Heydebreck wraz z córkami). Wieczorem tłum podłożył ogień pod pałac
ziemiański von Heydebrecków, niszcząc go całkowicie.
12 września1939wieś
została ostatecznie zajęta przez wojska niemieckie. Mimo zgromadzenia 126
tutejszych mężczyzn przed plutonem egzekucyjnym, Niemcy zrezygnowali jednak
z odwetowej pacyfikacji wsi. Markowice zostały za to poddane szczególnie
ostremu reżimowi administracyjnemu. W październiku1939usunięto
także z klasztoru zakonników, zamieniając kompleks w szkołę niemiecką.
Szacuje się, że do 1945 zginęło, zostało zamordowanych bądź zaginęło 32
mieszkańców parafii Markowice, w tym 15 oblatów z klasztoru[1][2].